独立行政法人日本学生支援機構は、奨学金の滞納問題防止のため、従来は１年以上の滞納者の一部のみに申し立てていた簡易裁判所への支払い督促を、２００９年１０月から９ヶ月以上の滞納者全員に対し行うようになった。これを受けて訴訟になるケースが増え、２００９年度の奨学金滞納の訴訟件数は２００８年度の２.８倍の計４２３３件に増加した。
独立行政法人日本学生支援機構によると、２００９年度奨学金の滞納者は約３３万６０００人分、滞納額は７９７億円となっており、要返還総額の約２０％に上るという。
２００６年１２月に国の行政改革推進本部は回収率を向上させるよう求め、２００８年６月には独立行政法人日本学生支援機構内の有識者会議が「法的措置の徹底」を提言した。２００９年１０月からは９か月以上の滞納者全員に申し立てを行うようにした。一方、経済的理由で返還が困難な人は、年収３００万円以下の場合に限り、最長１０年間に渡り月々の返済額を２分の１で返還可能にする制度も２０１０年度中に始める見通しだ。
