文部科学省の学校基本調査速報によると、病気や経済的な理由を除き、２００７年度に年間３０日以上長期欠席した「不登校」の小中学生の数が１２万９２５４人（前年度比１２３６０人増）で、前年度に引き続き増えたことが明らかになった。
不登校者数は、２００１年度に過去最多の１３万８７２２人を記録して以後、少子化の影響やスクールカウンセラーなどの配置によって減少傾向にあったが、２００５年度に底を打ってからは２年連続の増加となった。
中学生の不登校者は１０万５３２８人（前年度比２２５９人増）で３４人に１人。小学生では２万３９２６人（前年度比１０１人増）で２９８人に１人の割合。小学１年が１０９２人、中学３年が４万２４９４人で、学年が上がるほど不登校の生徒が増える傾向が続いている。
都道府県別に児童・生徒１０００人当たりに換算すると、最多は山梨の１５.１人、最少は秋田、愛媛両県の８.９人だった。全国平均は１２.０人。
各都道府県教育委員会に対するアンケートの回答などによると、不登校のきっかけと考えられる理由は、極度の不安や緊張、怠学など「本人の問題」が３８.８％と最多。次に「友人関係」（１８.４％）「親子関係」（１１.１％）が挙げられた。「いじめ」は全体の３.５％。
文部科学省は「スクールカウンセラーの配置など体制の違いが、都道府県ごとの不登校者数の差異に表れているのではないか」とみている。
